Jim Haverkins (lakonan Toby Regbo) dan ibunya (lakonan Shirley Henderson) mengusahakan sebuah hotel kecil di kawasan luar bandar. Pada suatu hari, hotel itu menerima seorang pelayar lanun beralkohol yang ketakutan Billy (lakonan David Harewood), yang pernah menjadi bawahan ketua lanun terkenal Kapten Flint (lakonan Donald Sutherland). Flint kejam dan tamak, dan mempunyai peta harta di tangannya. Selepas kematiannya, Billy yang paling setia nampaknya telah menguasai peta, dan dia telah menjadi sasaran yang ingin dicari oleh semua lanun. Jim menjumpai peta harta karun dari Billy yang sudah mati, dan menaiki bot bersama rakan kongsi tempatan ke Pulau Harta Karun yang penuh dengan harta karun yang tidak terkira banyaknya. Pada masa yang sama, lanun jahat menyamar dan menaiki kapal mereka, bersedia untuk merampas khazanah yang diidamkan... Filem ini diadaptasi daripada karya asal dengan nama yang sama oleh penulis British Robert Louis Stevenson.