Di alam semesta yang tenang, sebuah kapal angkasa bernama "Betty" sedang terbang ke planet "Auriga". Berpuluh-puluh penduduk bumi yang telah dibekukan oleh bius berbaring di atas kapal, sama sekali tidak menyedari bencana yang akan datang. Ternyata tentera dan ahli perniagaan yang tidak bertanggungjawab menculik orang-orang ini dan menghantar mereka ke "Auriga" untuk menetas telur yang diletakkan oleh Ratu Alien dua ratus tahun yang lalu. Ripley (Sigourney Weaver) telah menjadi makhluk asing yang dijelmakan semula oleh seorang ratu asing. Dia membawa gen asing dalam gennya, menjadi sangat kuat, berkelip-kelip masuk dan keluar, dan menjadi "orang bermuka dua". Terdapat seorang wanita muda bernama Call (Winona Ryder) pada "Betty" yang cuba mensabotaj rancangan untuk menetas telur makhluk asing. Apabila "Betty" datang ke "Auriga", sesuatu yang tidak dijangka berlaku!