Khan yang jahat melarikan diri dari planet di mana Kapten Kirk dipenjarakan lima belas tahun yang lalu Dia adalah seorang pemimpin yang bijak dan berani, tetapi kini dia telah menjadi orang gila yang jahat. Jadi dia mula-mula merampas kapal perang persekutuan, dan kemudian mencuri senjata yang menghancurkan yang dibuat oleh anak Kapten Kirk dan kekasih lama. Dan memikat Enterprise ke dalam perangkapnya yang direka dengan teliti...