Kelas 3E, kelas bawah Sekolah Menengah Chuchuqiao yang berprestij, mengalu-alukan seorang guru pelik (disuarakan oleh Ninomiya Kazuya) pada tahun persekolahan baharu. Guru ini berkepala kuning bulat besar dan sesungut yang berlendir dan menjijikkan ternyata dialah yang meletupkan bulan menjadi bulan sabit tidak lama dahulu. Elit pasukan khas Kementerian Pertahanan Jepun, Karasuma Yuomi (dilakonkan oleh Shiina Kihei), memperkenalkan raksasa itu kepada para pelajar Dia mempunyai kelajuan super Mach 20, dan senjata manusia biasa sama sekali tidak berkesan terhadapnya. Untuk mengelakkan raksasa itu merancang untuk memusnahkan bumi setahun kemudian, manusia mesti mencari jalan untuk menyingkirkannya. Raksasa itu menawarkan diri untuk menjadi ketua guru Kelas E di Darjah 3, jadi pelajar yang tidak berdaya mengambil alih tugas penting untuk membunuh raksasa itu. Sejak itu, para pelajar telah menerima latihan yang ketat daripada Karasuma, dan pembunuh Hiki (lakonan Chiei), robot pintar autonomi pemikiran tetap turet (lakonan Hashimoto Kanna), pelajar pemindahan Horibe Hesei (lakonan Kiyoshiro Kato) dan pengajar. Lawan Eagle Powerful seperti Oka Akira (lakonan Takashima Masanobu) juga telah datang ke bilik darjah pembunuhan ini satu demi satu, dan "Koro-sensei" yang lucu akan menghadapi operasi pembunuhan yang tidak berkesudahan... Filem ini diadaptasi daripada super -manga popular oleh Yusei Matsui.