Kisah ini mengikuti penghujung musim sebelumnya: Selepas pembunuhan gabenor Hawaii, Steve McGarrett menjadi suspek nombor satu dan telah ditahan sementara di penjara menunggu perbicaraan. Danny tiba-tiba datang melawatnya di penjara dengan bukti yang boleh membersihkan namanya. Pada masa yang sama, Kono telah digantung untuk pemeriksaan, dan Jabatan Hal Ehwal Dalam Negeri menghantar kakitangan untuk melancarkan siasatan menyeluruh ke atasnya. Terry O'Quinn memainkan Joe White, komander McGarrett semasa latihan SEAL Richard T. Jones memainkan Gabenor Hawaii yang baru, Sam Denning, sekali lagi memainkan bapa McGarrett, John McGarrett;