Tarikh akhir untuk membunuh Koro-sensei (disuarakan oleh Ninomiya Kazuya) semakin hampir, dan senjata rahsia yang telah mengintai di Kelas E selama tiga tahun akhirnya digunakan. Kaede Kayano (dilakonkan oleh Maika Yamamoto), yang dibebani dengan kebencian yang besar, mendedahkan sesungutnya yang lama tersembunyi dan melancarkan serangan terdesak ke atas Koro-sensei. Tepat dengan bantuan insiden ini Koro-sensei memberitahu tentang hubungan yang tidak dapat dilupakan antara dirinya dan Aguri Yukimura (Mirei Kiritani), bekas guru ganti Kelas E. Mengelilingi sama ada operasi pembunuhan akan diteruskan, Nagisa Shioda (lakonan Ryosuke Yamada), Industri Akabane (lakonan Masaki Sugata) dan lain-lain dibahagikan kepada dua kumpulan. Walaupun mereka berharap untuk menyelamatkan bumi daripada kemusnahan, mereka juga cuba menyelamatkan nyawa Koro-sensei. Pada masa yang sama, kerajaan pelbagai negara yang telah lama berdiam diri juga mula mempersiapkan tindakan terakhir mereka, dan Encik Shiro (lakonan Hiroki Narumiya), pelaku segala kekacauan, juga akan menjadi orang penting dalam menentukan nasib Koro-sensei. Masa untuk guru dan pelajar mengucapkan selamat tinggal akhirnya akan tiba... Filem ini diadaptasi daripada manga super popular oleh Yusei Matsui.