Kisah Senki Zessou mengisahkan tentang seorang gadis yang dikenali sebagai pesakit gabungan pada masa lalu Dia menangkap keajaiban ketika dunia hampir kiamat dan menyelesaikan adaptasinya dengan Symphogear lembing yang kekal. Siri pergolakan Peristiwa Frontier, yang menghapuskan manusia dan dilakukan atas nama kelangsungan hidup primata Bumi, berakhir dengan aktiviti gadis-gadis yang menghubungkan garis keturunan mereka melalui lagu, tetapi kisah baru bermula tidak lama lagi selepas itu. Objek jatuh supersonik yang mengoyakkan sub-alam semesta dalam lengkok. Ia adalah pesawat ulang-alik milik Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu yang telah menyelesaikan aktivitinya di luar atmosfera di titik Lagrange dan sedang bersedia untuk kembali ke Bumi. Pesawat ulang-alik jatuh ke dalam kerosakan disebabkan oleh kegagalan sistem Jika ini berterusan, tidak dapat dielakkan bahawa badan akan reput di udara atau terkena permukaan Menghadapi kecemasan ini, pemimpin pelbagai negara hanya panik. Pemakai Symphogear, yang telah dua kali menyelamatkan dunia daripada krisis yang tidak pernah berlaku sebelum ini, dianggap sebagai senjata yang disimpan oleh kerajaan Jepun Malah sokongan menyelamat kemanusiaan tidak dapat dilakukan di luar negara, jadi mereka perlu menunggu dalam keadaan bersiap sedia sebagai pilihan terakhir. Lebih 100 hari berlalu selepas itu. Sejak kejadian Frontier, Noise yang diiktiraf sebagai bencana khas tidak lagi diperhatikan hanya apabila orang yang mengetahui keseluruhan cerita kejadian itu mempunyai firasat tentang pembasmian Noise dan berakhirnya kerosakan. Fujiya Sakuya dan Yusato Aoi, yang memerhati monitor di ibu pejabat, mengesahkan bentuk gelombang tindak balas yang berbeza daripada Noise, tetapi serupa. Lokasinya berhampiran Yokohama Port Otsubashi Pier. Di sana, sosok Elfnein, berpakaian hitam dan berlari seolah-olah melarikan diri dengan kotak kecil di tangannya, ditemui. Ada lagu yang akan menghancurkan dunia. Sekarang, tiada siapa yang menyedari ancaman yang akan datang Di bawah langit malam musim panas, hanya ada debu merah yang menari.