Gadis Rune Barot (disuarakan oleh Hayashihara Emi) yang mengalami nasib yang kejam telah terlibat dalam pertempuran sengit dengan musuh yang kuat Boyd (disuarakan oleh Tsutomu Isobe, penyiasat jenayah Ufuku, yang dikenali sebagai senjata universal,). Dr Ke (disuarakan oleh Sapien Yashima) muncul dan menyelamatkan Barot yang hampir mati. Apabila Barlot bangun semula, dia mendapati dirinya berada di makmal "Syurga", tempat kelahiran sains terlarang yang lagenda Sekali lagi, dia melihat banyak ciptaan aneh dan belajar tentang masa lalu "Syurga" dan tiga doktor. Selepas beberapa penyiasatan, dia akhirnya mengetahui bahawa ingatan Sher (disuarakan oleh Kazuya Nakai) disembunyikan dalam cip di Kasino. Untuk mengesan masa lalu Sher, Barlot menyamar sebagai seorang penjudi dan masuk ke kasino berbahaya... Filem ini diadaptasi daripada novel fiksyen sains Okinawa dan merupakan bahagian kedua dalam trilogi "Girl in the Shell" (dua bahagian yang lain ialah "Mampatan" dan "Ekzos").