Pada awal abad ke-21, bioteknologi Jepun sangat maju Robot biologi yang dibangunkan dan dimonopoli secara eksklusif sangat menggalakkan kemajuan zaman, tetapi pada masa yang sama, potensi bahayanya sentiasa dikritik oleh negara-negara di seluruh dunia. Tidak berpuas hati dengan gesaan negara lain untuk mengehadkan teknologi ini, Jepun secara unilateral menarik diri daripada Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu pada 2067, menggunakan cara berteknologi tinggi untuk menyekat semua isyarat luar, dan sekali lagi memasuki keadaan penutupan negara. Untuk sepuluh tahun akan datang, dunia luar tidak tahu apa-apa tentang keadaan semasa di Jepun. Kerajaan A.S. tidak sabar-sabar untuk memahami situasi semasa di Jepun, lantas menghantar pasukan khas PEDANG untuk menyelinap secara rahsia ke negara misteri yang telah ditutup selama sepuluh tahun ini. Apabila anggota pasukan khas VEXILLE (lakonan Kuroki Miyoshi) dan Leon (lakonan Shosuke Tanihara) memasuki Jepun, apa yang mereka lihat di hadapan mereka mengejutkan mereka...