Dalam dunia masa depan di mana sains dan teknologi sangat maju, kota Marduk yang makmur dan dekaden hidup dalam keadaan mabuk dan mabuk. Rune Barrot (disuarakan oleh Hayashihara Emi), seorang gadis cantik dan manja yang digemari oleh ribuan orang, telah menerima segala-galanya daripada pengendali kasino Sher (disuarakan oleh Nakai Kazuya), tetapi dia tidak dapat menahan keinginannya untuk meneroka identiti sebenar. Fikirannya seolah-olah menyinggung perasaan Sher yang mendominasi, yang membawa kepada kematiannya. Pada saat genting, Barot diselamatkan oleh penyiasat jenayah Dr. Ufkok (disuarakan oleh Sapiens Yashima), dan di bawah perlindungan dan kebenaran Dekri Darurat Marduk 09, dia memiliki kebolehan istimewa yang dilarang oleh undang-undang. Ufkok berharap dapat mendedahkan beberapa siri jenayah di Sher dengan bantuan gadis itu. Baginya, ini tidak kurang daripada perjalanan yang berbahaya... Filem ini diadaptasi daripada novel fiksyen sains Oki Fangding dan merupakan bahagian pertama dalam trilogi "Girl in the Shell" (dua bahagian lain ialah "Burning" dan "Pathway "). gas").