Menurut IGN, "NieR: Automata Ver1.1a" telah memutuskan untuk menghasilkan musim kedua dan mengeluarkan treler musim kedua. 5012 Masihi. Makhluk asing yang tiba-tiba menyerang bumi dan makhluk mekanikal yang mereka cipta menyebabkan manusia menghadapi krisis kepupusan. Satu-satunya manusia yang tinggal melarikan diri ke bulan dan menggunakan tentera buatan untuk melancarkan serangan balas untuk merampas kembali bumi. Walau bagaimanapun, bilangan makhluk mekanikal yang tidak terhingga menghalang jalan, dan perang itu menemui jalan buntu. Sebagai senjata muktamad, manusia menghantar tentera "Yorha" manusia tiruan baharu ke bumi. "2B", yang baru dihantar ke Bumi, bersatu semula dengan penyiasat terkemuka "9S" untuk menjalankan misi bersama-sama, tetapi menemui banyak fenomena misteri dan tidak dapat dijelaskan di sepanjang jalan...