Protagonis lelaki berambut biru akan dinamakan Fukai Ao (フカイ・アオ, nama ini bermaksud "biru tua" dalam bahasa Jepun), dan dia seorang budak lelaki berusia 13 tahun. Bapa Ao Renton Thurston (Renton Thurston) hilang, dan ibunya Eureka (Eureka) telah dibawa pergi oleh tentera AS 10 tahun lalu. Kerana dia mewarisi gen istimewa ibunya, dia boleh melihat perkara yang tidak dapat dilihat oleh mata manusia, seperti zarah cahaya dengan diameter 20nm, sinar inframerah, sinar ultraungu, dan lain-lain (tetapi fisiologi khas ini terhad di angkasa lepas). Semasa dia muda, dia tinggal bersama Toshio Fukai, seorang doktor tua di klinik, dan kini dia berada di Generasi Biru. Nama heroin itu ialah Alata Nalu, yang juga berusia 13 tahun dan merupakan kekasih Qing zaman kanak-kanak yang membesar bersama. Disebabkan kemalangan pada zaman kanak-kanaknya, mata Nalu dengan kuasa "Yu" (Yoda, nama seorang psikik yang pakar dalam ramalan sebagai profesion di Okinawa, Jepun) terjaga. Nalu mempunyai kebolehan istimewa untuk memahami suara Batu Karang Ini kerana sebahagian daripada Batu Karang tumbuh pada tahap tertentu, dia dan Batu Karang sebahagiannya bercantum telah rosak sejak dia masih kecil. Dia lemah dan perlu memasukkan oksigen ke dalam penyedut oksigen di tangannya. Dia kini tinggal bersama ayah, kakak dan neneknya. Pentas permainan ini juga terletak di Pulau Iwato di Okinawa Pada masa itu, Pulau Iwado sedang menjalani gerakan untuk memulihkan autonominya Namun, pada suatu hari, batu karang yang muncul di pulau itu diserang oleh Sel Putih musuh lama G-Monster Untuk melindungi Pulau Iwato, kisah protagonis lelaki Ao bertemu IFO humanoid (Objek Terbang Pintar) dan melawan G-Monster bermula.