Mungkin pada masa lalu, atau mungkin pada masa hadapan, manusia menjajah alam semesta secara besar-besaran. Apabila populasi meningkat kepada 500 bilion, manusia yang bertaburan di setiap sudut alam semesta kembali ke tanah air mereka, Bumi, hanya untuk mencetuskan Perang Pulang dengan korban yang banyak. Untuk melindungi tempat suci di bumi ini, manusia telah menetapkan sekatan Gaia dan bersetuju untuk tidak membenarkan sesiapa terlibat di sini. Bagaimanapun, Harlock (disuarakan oleh Shun Oguri), yang pernah menjadi kapten Armada Bersatu, mengkhianati sekatan Gaia, memandu Arcadianya dan menaikkan bendera pemberontakan, dan menjadi penjenayah dikehendaki yang telah melarikan diri selama seratus tahun. Komander Armada Bersatu Isola (disuarakan oleh Tomoyuki Morikawa) mengarahkan adiknya Yama (disuarakan oleh Haruma Miura) untuk menyelinap ke dalam Arcadia untuk meneroka rahsia mesin gerakan kekal yang dicipta oleh Nibelung. Dalam tempoh ini, Hallock mengetuai anak kapal lebih dekat ke Bumi, manakala Armada Bersatu menyediakan pukat seret dalam sistem suria untuk menyekat kemajuannya. Kampung halaman yang jauh dan kebenaran yang telah lama hilang mengejutkan semua orang... Filem ini diadaptasi daripada komik fiksyen sains klasik Leiji Matsumoto.