Kisah ini berlaku dalam Zaman Negara Berperang. Inoji Rantaro, yang dilahirkan dalam keluarga ninja biasa, memasuki sekolah ninjutsu untuk memenuhi harapan tinggi ibu bapanya dan menjadi ninja elit. Di sana, dia bertemu Fukutomi Fukutomi, anak seorang ahli perniagaan kaya, dan Settsu Nomumaru, yang kehilangan ibu bapanya dalam perang, dan mereka menjadi kawan dan membentuk trio. Setiap episod terutamanya menceritakan perkara menarik yang berlaku kepada tiga ninja (ninja kecil) di sekolah ninja. Siri TV ini telah disiarkan di tanah besar China, Taiwan, dan Hong Kong. Tujuan sekolah ninjutsu adalah untuk melatih ninja muda. Di sekolah ninjutsu, terdapat profesor yang berbeza disiplin, guru dengan personaliti yang berbeza, ninja genius senior, ninja perempuan, anjing ninja, dan pengetua pelik Okawa Heiji dan Uzumaki, ia sangat meriah! Ketiga-tiga mereka, Rantaro, sering gagal dalam kelas dan peperiksaan dan sentiasa bertanya mengapa, tetapi mereka tetap bertahan dan bercita-cita untuk menjadi ninja terbaik dalam kelas. Pengetua Sekolah Ninjutsu berubah-ubah dan sentiasa membuat keputusan yang aneh, yang membawa kepada banyak cerita menarik Rantaro dan lain-lain sering terlibat dalam pelbagai insiden. Ninja-ninja kecil itu penuh dengan rasa keadilan dan bekerja keras untuk menyelesaikan sebarang kesulitan yang mereka hadapi. "Ninja Rantaro" ialah siri animasi Jepun yang diadaptasi daripada manga "The Fallen Ninja Rantaro" yang asalnya ditulis oleh Nizi Saobei.