Pada masa hadapan yang jauh, bumi pernah menjadi planet beku. Manusia yang masih hidup berhijrah ke angkasa lepas, menubuhkan planet kolonial yang makmur Avalon, dan menubuhkan Human Galactic Alliance dengan makhluk asing. Pada masa yang sama, makhluk asing bernama Sidirs membiak secara liar dan melancarkan perang yang berlarutan dengan Perikatan. Dalam pertempuran menentang planet asal Sidirs, tentera Leftenan Muda Merah berusia 16 tahun (disuarakan oleh Kaito Ishikawa) menghadapi tentangan sengit. Semasa berundur, Red secara tidak sengaja telah ditarik ke dalam keretakan dalam ruang dan masa, dan Dewan senjata penghapusan yang dipandunya jatuh ke lautan bumi. Chamber telah diselamatkan oleh manusia di atas armada Gargantia. Berhadapan dengan bintang asal manusia ini yang sama sekali berbeza daripada apa yang dia ingat, Red berasa rugi. Dalam tempoh ini, dia berkomunikasi dengan gadis cantik Amy (disuarakan oleh Jin Yuanshouzi), dan berjaya membantu mereka mengalahkan serangan lanun dan memenangi kepercayaan orang ramai di bumi. Tidak dapat menghubungi pasukan mesra, Red hanya boleh tinggal di Bumi buat sementara waktu. Dia hanya tahu melawan dan mematuhi perintah sejak kecil Berdepan dengan kumpulan manusia yang tidak mempunyai disiplin atau kecekapan langsung, emosi yang paling dalam di hatinya perlahan-lahan menyedarkan...