Selepas menghantar Schneider pulang ke kampung halamannya, empat Ekor Penyu Ninja Mutan Remaja yang pada asalnya seakan-akan bersaudara, tidak lagi mahu bergaduh bersama-sama seperti dahulu kerana mereka tidak mempunyai musuh Sebaliknya, mereka masing-masing belajar dalam bidang kegemaran mereka Ninja Turtles yang pernah berlakon bersama menjadi Empat "penjaga tunggal" yang bersendirian! Pada masa ini, beberapa siri perkara aneh berlaku di New York City. Ternyata ahli industri Maximilian J. Waiters berhasrat untuk menakluki New York City dan secara rahsia memupuk tentera raksasa purba Bersama-sama dengan organisasi ninja terkenal FootClan, pelbagai kuasa gelap bersedia untuk bergerak di sekitar sudut bandar. Penyu bersedia untuk berperang lagi! Mereka bersatu semula dan bersedia untuk menyerang kuasa gelap!