Ini adalah kisah yang kurang diketahui tetapi meluas pada malam sebelum penubuhan Ghost in the Shell. Pada suatu hari pada 6 Jun 2027, Leftenan Kolonel Mamuro (disuarakan oleh Atsushi Miyauchi), yang tergolong dalam pasukan rahsia Pertubuhan 501 Tentera, terbunuh di jalan yang sibuk Dia sebelum ini terlibat dalam skandal rasuah dalam perdagangan senjata dan tidak dapat melarikan diri dengan sendirinya menyembunyikan kebenaran di sebalik kematiannya. Pada malam yang hujan, ketua Bahagian Keselamatan Awam 9, Daisuke Aramaki (disuarakan oleh Ichigo Juku), yang cuba mendapatkan semula otak elektronik Mamuro, dan cyborg Motoko Kusanagi (disuarakan oleh Maaya Sakamoto) bertemu buat pertama kali di Mamuro Nakasa's tanah perkuburan. Pada masa ini, Kusanagi masih seorang askar yang bertanggungjawab menyiasat jenayah siber untuk agensi 501 Dalam perjalanan ini, dia berharap untuk mengetahui kebenaran di sebalik ketidakadilan dan pembunuhan Leftenan Kolonel yang sangat dihormati. Tanpa diduga, leftenan di dalam keranda itu sudah pun hilang. Selepas itu, dia ditugaskan oleh Aramaki untuk melancarkan penyiasatan, dan semasa siri pengejaran berbahaya, dia bertemu Bart (disuarakan oleh Kenichiro Matsuda), bekas anggota pasukan khas, dan Togusa (disuarakan oleh Tarusuke Aragaki), yang seorang pegawai polis jenayah di Wilayah Shinhama pada masa itu. Kes yang mengelirukan membawa Kusanagi dan partinya ke tempat yang tidak diketahui... Filem ini diadaptasi daripada karya asal Masamune Shirow.