Budak lelaki bermata satu Kubo (disuarakan oleh Art Parkinson) tinggal bersama ibunya yang lemah. Pada siang hari, Kubo membuat wang dengan menceritakan kisah-kisah indah kepada penduduk kampung tentang kuasa pelik dan dewa-dewa huru-hara Sebaik sahaja hari gelap, dia terpaksa pulang ke rumah untuk menjaga ibunya. Pada suatu hari, Kubo pulang lewat. Kakak jahat (disuarakan oleh Rooney Mara) yang pernah mengambil sebelah mata Kubo datang ke rumah Kubo dan cuba mengambil mata sebelahnya. Dalam huru-hara itu, ibu Kubo meninggal dunia, dan Kubo, yang hampir terlepas daripada kematian, terpaksa meninggalkan kampung dan pergi ke buangan. Kubo mengetahui bahawa sebelum bapanya meninggal dunia, dia meninggalkan sepasang perisai yang boleh melindungi Kubo daripada kakak-kakaknya yang jahat dan bapanya, Moon (disuarakan oleh Ralph Fiennes), dan memutuskan untuk pergi mencarinya. Dalam perjalanan, Kubo bertemu dengan ahli sihir amnesia Beetle (disuarakan oleh Matthew McConaughey), dan Beetle turut menyertai pasukan Kubo.