Pada awal abad ke-21, umat manusia meninggalkan kebanyakan orang di bumi dimusnahkan oleh Godzilla, dan hanya membenarkan orang terpilih menaiki kapal imigresen antara bintang Aratram dan pergi ke "tempat yang dijanjikan, Tau Planet e" di mana mereka boleh berhijrah . Tetapi rancangan ini gagal, dan manusia terpaksa kembali ke Bumi semula. Herotan masa dan ruang yang disebabkan oleh navigasi subruang jarak jauh menyebabkan tempat manusia kembali menjadi "Bumi 20,000 tahun kemudian." Di Bumi ini, protagonis Haruo dan yang lain diserang oleh Godzilla Pada masa yang sama, mereka melakukan "taktik anti-Godzilla" yang dirancang selama 20 tahun bersama-sama dengan makhluk asing dari dua kaum, Exifer dan Bill Chard mengalahkan Godzilla. Tetapi kegembiraan itu tidak bertahan lama Godzilla "Godzilla Earth" yang tersembunyi jauh di bawah tanah muncul. Ia terus berkembang dan bertahan selama 20,000 tahun, mencapai ketinggian 300 meter dan jisim lebih daripada 100,000 tan Menghadapi kuasa pemusnah yang luar biasa dari Godzilla gergasi yang berkembang menjadi bentuk ini, Haruo dan yang lain telah dikalahkan. Orang yang menyelamatkan Haruo ialah Miana, ahli orang Futua yang dianggap sebagai saki-baki manusia. Phutua adalah kaum humanoid pertama yang mereka temui di bumi ini. Adakah mereka akan menjadi keturunan manusia——? "Dewa Futua juga telah dikalahkan oleh Godzilla, dan kini hanya telur yang tinggal. Pencabar dan penentang semuanya ditelan api dan hilang Menghadap mereka, Haruo menjawab, "Ini diambil kembali dengan tangan manusia." Peluang terakhir bumi.” Sebaliknya, Garg, komander Biershard, menyedari bahawa mata anak panah yang digunakan oleh Futua diperbuat daripada "logam pemikiran disiplin diri nanometal" dan berasa gembira. Ini diperbuat daripada bahan yang sama seperti "Mechagodzilla" yang mereka hasilkan sebagai "Senjata Penentu melawan Godzilla" di kaki Gunung Fuji pada abad ke-21 tetapi telah dimusnahkan sebelum diaktifkan. Ini adalah bukti bahawa peralatan yang dibangunkan pada masa itu masih kekal sehingga kini——.