Nanoha (disuarakan oleh Yukari Tamura) pada asalnya seorang gadis sekolah rendah gred tiga biasa, tetapi dia menjadi seorang gadis ajaib kerana pertemuan tidak sengaja dengan Yuno dari dunia lain, dan dia menyertai pertempuran untuk mendapatkan warisan. Selepas insiden terakhir, Nanoha mengucapkan selamat tinggal kepada Fit (disuarakan oleh Mizuki Nana) yang mempunyai persahabatan yang mendalam dengannya, dan kembali ke kehidupan seharian yang damai, menerima latihan sihir untuk mempersiapkan diri untuk pusingan seterusnya serangan sengit oleh musuh. Suatu hari, penghalang sihir misteri muncul di langit di atas Kota Haiming Fenomena luar biasa ini menarik perhatian Nanoye. Sudah pasti, Nanoye telah diserang oleh gadis ajaib berambut merah Vita (disuarakan oleh Asami Sanada Apa yang tidak disangkakan oleh Nanoye ialah Vita memusnahkan pertahanan kuat Nanoye dalam satu gerakan). Nasib baik, Fit muncul tepat pada masanya dan Nanoye terselamat. Kemunculan Vita bermakna konspirasi sedang berlaku secara rahsia.