Pada tahun 2029 Masihi, dunia masa depan adalah dunia teknologi tinggi dan teknologi maklumat. Peningkatan taraf hidup manusia disertai dengan teknologi tinggi aktiviti jenayah Oleh itu, pasukan khas yang berdedikasi untuk menyekat jenayah teknologi tinggi-Seksyen Keselamatan Awam 9 ditubuhkan. Kapten Motoko Kusanagi, sebagai polis wanita dengan "badan prostetik" badan penuh, mengetuai Seksyen Keselamatan Awam 9 untuk menjalankan operasi secara berterusan. Kali ini, Keselamatan Awam Seksyen 9 membantu Keselamatan Awam Seksyen 6 secara rahsia menyelesaikan perkara yang menyusahkan seorang pengaturcara yang melarikan diri ke negara lain, dan terlibat dalam insiden jenayah penggodam legenda "Guru Boneka". Apabila operasi menemui jalan buntu, ketua boneka muncul tanpa diundang di Seksyen Keselamatan Awam 9! Suzi dan rakan-rakannya secara tidak sedar terlibat dalam konspirasi yang melibatkan kerajaan. Karya ini diadaptasi daripada filem animasi 1995 "GHOST INHESHELL". Plotnya kekal tidak berubah dan grafiknya dibuat semula sepenuhnya.