Pada hari tertentu pada bulan Mac 2029, kedutaan negara tertentu telah diceroboh oleh sekumpulan militan yang telah berubah menjadi prostetik berskala besar. Motoko Kusanagi (disuarakan oleh Maaya Sakamoto) memanggil Bart (disuarakan oleh Kenichiro Matsuda), Togusa (disuarakan oleh Tarusuke Aragaki) dan orang bawahan lain yang berkebolehan, dan merumuskan pelan penyelamatan yang teliti. Tanpa disangka, apabila semuanya berjalan mengikut perancangan, tiba-tiba berlaku kemalangan. Pada masa yang sama, di sebuah bangunan pencakar langit tidak jauh dari kedutaan, Perdana Menteri Jepun telah dibunuh oleh bom kotak kunci, Kuruz (lakonan Mayumi Asano), pengarah agensi 501 Tentera, turut dibunuh. dalam letupan itu. Selepas penyiasatan teliti, Suzi dan yang lain mendapati bahawa virus yang boleh mengganggu ingatan sedang merebak di Internet, dan pengalaman hidupnya sebenarnya berkait rapat dengan beberapa siri peristiwa. Dalam krisis semasa, konspirasi itu muncul semula secara senyap-senyap... Filem ini diadaptasi daripada karya asal Masamune Shirow dengan nama yang sama dan merupakan karya peringatan untuk ulang tahun ke-25 kelahiran "Ghost in the Shell".