Pada suatu hari musim panas, gadis berambut merah Mary (disuarakan oleh Sugisaki Hana) telah dihantar ke rumah desa ibu saudaranya Charlotte untuk bercuti. Apabila dia mula-mula tiba, Mary tidak begitu biasa dengan segala-galanya di sekelilingnya, terutamanya budak nakal Peter (disuarakan oleh Kamiki Ryunosuke) yang sengaja menentangnya, yang menyebabkan Mary benar-benar tidak berpuas hati. Semasa pengembaraan yang tidak disengajakan di dalam hutan, Mary melihat bunga ajaib legenda "Night Flight" dan juga menemui penyapu yang patah. Tetapi penyapu ajaib ini membawa Mary ke langit dan tiba di Akademi Ende, yang pakar dalam melatih ahli silap mata. Di tempat ajaib ini, Mary diterima dengan mesra oleh Cik Mablecheck (disuarakan oleh Yuki Amami), dan juga bertemu dengan Dr. D yang kelihatan pelik (disuarakan oleh Fumiyo Kohinata). Walaupun gadis itu secara jahil menjadi pelajar sihir, dia tidak lama kemudian menemui rahsia yang tersembunyi di sini ... Filem ini diadaptasi daripada novel sastera kanak-kanak British yang diadaptasi daripada Mary Stewart dan diterbitkan oleh Hiromasa Yonebayashi selepas meninggalkan Studio Ghibli Filem cereka animasi pertama .