Dalam Abad Sejagat 0068, penceramah Republik Autonomi Muzo yang tinggal di SIDE 3 meninggal dunia secara tidak dijangka selepas mengeluarkan "Pengisytiharan Kemerdekaan Sepenuhnya." Dalam sekelip mata, kita sampai ke alam semesta abad 0074, dan Edward Mars (disuarakan oleh Shuichi Ikeda) memasuki Akademi Tentera Pertahanan Negara Republik Autonomi Zeon sebagai Char Aznab. Di sana, dia dan Germa (lakonan Kakihara Tetsuya), seorang murid terkenal dari SIDE3, mengagumi satu sama lain dan menjadi kawan simulasi. Pada Abad Sejagat 0077, pelajar bangkit dan melancarkan pemberontakan bersenjata menentang Tentera Persekutuan Bumi. Untuk Xia Ya, dendamnya juga bermula...