Kedua-dua saudara lelaki Eric, yang terpisah dalam dua dunia, menggunakan kaedah mereka sendiri untuk cuba menyatukan semula saudara-saudara. Abang Edward melalui "pintu" dan memasuki dunia nyata. Di Munich, Jerman pada tahun 1923 Masihi, perang dunia hampir bermula. Edward, yang tidak dapat menggunakan alkimia di dunia ini, mengkaji teknologi roket dengan Alvans, seorang lelaki muda yang kelihatan sama seperti adiknya, berharap untuk menggunakan roket untuk kembali ke dunia asal. Dalam dunia alkimia di seberang, adiknya Alphonse mengamalkan alkimia, berpakaian seperti Edward pada masa lalu, dan bekerjasama dengan ahli alkimia negara untuk mencari jalan mencari abangnya. Dan secara rahsia, sebuah organisasi misteri di Munich memulakan ritual untuk mencari utopia "Shambhala", dan "pintu" yang menghubungkan dunia alkimia dan dunia nyata dibuka. Nasib dua beradik itu berkait rapat dengan krisis dua dunia, dan adik-beradik Eric terpaksa menghadapi cabaran yang tidak pernah berlaku sebelum ini.