Pada suatu masa dahulu, makhluk misteri bernama Kiju menceroboh sistem suria, menyebabkan manusia kehilangan tempat tinggal dan mengembara di alam semesta yang luas di atas Sidonia, sebuah kapal angkasa gergasi sebesar planet. Seribu tahun yang panjang telah berlalu seperti ini, dan kini penduduk Sidnia tidak menemui makhluk aneh selama seratus tahun Namun, mereka tidak pernah melonggarkan kewaspadaan mereka dan telah melatih generasi juruterbang senjata humanoid "Penjaga". Pada suatu hari, Tanikaze Nagamichi (disuarakan oleh Ryota Aisaka), seorang pemuda yang tinggal di bawah tanah, merangkak ke permukaan kerana kelaparan, mencuri beras dan kemudiannya, di bawah arahan kapten (disuarakan oleh Sayaka Ohara), dia menjadi Juruterbang Guardian ke-628 , di sini dia bertemu dengan gadis yang baik hati Xing Baixian (digelar oleh Suzaki Aya), lelaki jantina ketiga yang mesra Kotose Izana (digelar Toyosaki Aio), dan Qigami Seafuo yang sombong dan keras kepala (digelar oleh Suzaki Aya Disuarakan oleh Takahiro). Sakurai) dan lain-lain. Tidak lama kemudian, remaja-remaja itu keluar dalam misi pengumpulan, malah bertemu dengan lelaki aneh yang tidak pernah mereka jumpai sejak satu abad. Perang kosmik yang telah lama membisu telah bermula lagi... Filem ini diadaptasi daripada komik asal karya Erping Mian.